Interview実績紹介

私は、アフリカツメガエルの卵を用いた初期発生において、脳や末梢神経といった組織の「境界」がどのように決定されるのかを研究しています。このプロセスを司る鍵は「転写因子」ですが、これらは一般に発現量が非常に少ないのが特徴です。

解析データにおいて、発現量の多い遺伝子だけでなく、低発現・中発現領域にある転写因子の微細な変動をいかに正確に捉え、比較できるかが研究の成否を分けるポイントとなります。

これまでRNA-seq解析に対し、多くの研究者が二の足を踏んできた背景には、コスト以外の不満がありました。

• 実質的に1サンプルから発注できない：多くの受託サービスは5個や8個など複数サンプルからの受付が多く、1サンプルだけ試したい時には不向きでした。
• バイオインフォ解析の重い負担：生データ（Fastq）だけを返されても、エクセル形式で考察できる状態にするまでには多大な時間と専門知識が必要です。
• 品質確認（QC）の設備不足：ラボにバイオアナライザーがない場合、解析を依頼する前の品質確認のためだけに、機器を持っているラボを探し回る手間が発生していました。

今回、解析を依頼するにあたり、判断材料の一つとなったのは、1サンプルから依頼できる点でした。「とりあえず一回やってみよう」と思える圧倒的な気軽さです。

さらに、サンプルのRNA精製、RNAの品質確認、遺伝子発現量の定量化まで、「いつも研究室で行っていた前後のタスクがすごく端折られている」状態で納品されるため、リソースの限られた大学の研究室にとってメリットがありました。

今回の解析は「まずは当たりをつける」 という目的でしたが、得られたデータには期待以上の価値がありました。 最大のメリットは、「プレリミナリーと言いながら、具体的な遺伝子の名前を書き込める」 ことです。これにより、単なる予備データに留まらず、非常に「具体性が出る」結果を得ることができました。

この具体性があれば、科研費の申請書においても「こんな遺伝子が上がっているから、これ（この研究）をやりたい」と明確に書くことができます。「思いつきで、これってどうなってるんだろうという研究がRNA-seqレベルでできる」 という気軽さは、研究を発展させるための大きなメリットです。